Почти 100% капитала контролируют Олег Шигаев и член совета директоров Андрей Исаев. Осенью 2008 года акционеры «Балтийского» оказали банку финансовую поддержку весьма необычным способом — они перечислили на счета 4 млрд рублей в виде безвозмездной помощи. В результате прибыль банка в 2008 году выросла в 36 раз, до 4,07 млрд рублей. В течение нынешнего года банк собирается выпустить в пользу акционеров допэмиссию на 1 млрд рублей.